La palabra «acuaponía» se compone de los términos «acuicultura» (un tipo de piscicultura) y cultivo hidropónico de plantas (sin suelo). Estos dos sistemas independientes tienen sus ventajas, pero también sus inconvenientes. La acuaponía es una combinación de ambas técnicas en un sistema de recirculación en el que las ventajas superan a los inconvenientes.
El epónimo, que otorga al agua un papel central, es la traducción de «pónos» del griego, que significa «trabajo». «Aqua» del latín, que significa «agua», traducido libremente: «trabajo del agua». Esto refleja un aspecto esencial: El agua como medio central en el que plantas y peces prosperan juntos ahorrando recursos.
La acuaponía puede definirse como la combinación de la acuicultura y el cultivo hidropónico. Este último es una práctica en la que las plantas se cultivan sin tierra, utilizando únicamente agua enriquecida con todos los nutrientes que las plantas necesitan. En el caso de la acuaponía, los nutrientes esenciales para el crecimiento de las plantas proceden de la piscicultura, cuyos principales productos de desecho son estas sustancias. En este sistema, elementos como el nitrógeno y el fósforo, derivados tanto de las excreciones y excrementos de los peces como de la descomposición de los alimentos no consumidos, pueden ser absorbidos por las raíces de las plantas en crecimiento que están directamente sumergidas en el agua.

