Das Wort „Aquaponik“ setzt sich aus den Begriffen „Aquakultur“ (eine Art der Fischzucht) und hydroponischer Pflanzenbau (ohne Erde) zusammen. Diese beiden eigenständigen Systeme haben ihre Vorteile, aber auch ihre Nachteile. Aquaponik ist eine Kombination aus beiden Techniken in einem Kreislaufsystem, bei dem die Vorteile die Nachteile überwiegen.
Der gleichnamige Ansatz, bei dem das Wasser eine zentrale Rolle spielt, ist die Übersetzung von „pónos“ aus dem Griechischen, was „Arbeit“ bedeutet. „Aqua“ aus dem Lateinischen für Wasser, frei übersetzt: „Wasserarbeit“. Dies spiegelt einen wesentlichen Aspekt wider: Wasser als zentrales Medium, in dem Pflanzen und Fische gemeinsam ressourcenschonend gedeihen.
Aquaponik kann als Kombination von Aquakultur und Hydrokultur definiert werden. Letzteres ist ein Verfahren, bei dem Pflanzen ohne Erde angebaut werden, sondern nur mit Wasser, das mit allen Nährstoffen angereichert ist, die die Pflanzen benötigen. Bei der Aquaponik werden die für das Pflanzenwachstum notwendigen Nährstoffe durch die Fischzucht geliefert, deren Hauptabfallprodukte diese Stoffe sind. In diesem System können Elemente wie Stickstoff und Phosphor, die sowohl aus den Ausscheidungen und Exkrementen der Fische als auch aus der Zersetzung von nicht gefressenem Futter stammen, von den Wurzeln der wachsenden Pflanzen aufgenommen werden, die direkt in das Wasser eingetaucht sind.

